Também conhecida como Mestre d´Armas, devido ao antigo nome da localidade que originou a atual Planaltina (DF), esta é a mais bem conservada das três formações lacustres desta parte do Planalto Central que orientaram os bandeirantes no século 18.
A Lagoa Bonita está protegida por lei desde que passou a integrar a área da Estação Ecológica de Águas Emendadas, unidade de conservação sob responsabilidade distrital, dentro da qual nascem para vertentes diferentes as grandes bacias hidrográficas brasileiras - a do Tocantins, que vai desaguar na costa norte brasileira, e da Prata, cuja foz está na costa argentino-uruguaia do Atlântico Sul.
Situa-se em campo aberto e as ameaças ambientais que sofre vêm da região fora da estação ecológica, ocupada por lavouras de soja e pastagens. Da Lagoa Bonita nasce o córrego Mestre d´Ármas, que depois se transforma no rio São Bartolomeu, que desce de norte a sul do DF e junto com o Descoberto e o Corumbá corre para a bacia hidrográfica do Prata.
A visitação só é permitda para fins científicos, sob autorização da Secretaria de Meio Ambiente do DF.