A região está relativamente preservada, apesar do impacto que o avanço da fronteira agropecuária e o aumento do turismo representam para o meio ambiente. Bonito é um caso raro, onde há forte sistema de auto-regulação, com os próprios empresários de ecoturismo se encarregando de adotar normas rigorosas de cumprimento à legislação ambiental. Impressiona o turista e serve de exemplo. O escritório do Ibama na cidade tem pouca ocorrência de multa (em 2003) nas atividades de ecoturismo em si. Em volta, na região de Bonito;Bodoquena, o que dá trabalho mesmo é o corte ilegal de madeira e o fogo. Ambientalistas
e ativistas de ongs constataram também o grave problema da grilagem de terras, entre o Parque Nacional da Serra da Bodoquena e antigas terras de tribos indígenas que foram ficando apertadas entre a civilização de conquista e o chaco, tendo do outro lado os espanhóis.
É sem dúvida o mais completo caso de uma cidade adotar o ecoturismo sustentável e ver neste ramo de negócios sua glinha dos ovos de ouro. Logo, a palavra de ordem tem sido preservar. Junto com as longas distâncias e a natureza dos passeios, o ideal é chegar em Bonito, estudar o menu de opções e contratar serviços diários por agências especilizadas. Eles levam, fazem o passeio e lhe trazem ao final para o hotel que você escolher (de preferência antes).
Bonito tem das melhores infraestruturas de ecoturismo em funcionamento no interior brasileiro. Devido às características de atividades como flutuação, pesca esportiva em certas épocas, trilhas, rapel e travessia de cachoeiras em botes, todo o turismo é organizado através de agências. Não há como simplesmente chegar e ir aos passeios se não estiver integrado em grupos guiados, transportados até os ecopontos. Planeje antes o que vai fazer, estude pela internet e depois contacte sua operadora de turismo - ou entre em contanto com o Centro de Atendimento ao Turista (CAT) da Prefeitura de Bonito.

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