Principal problema ambiental é sem dúvida a ocupação desordenada do solo, com o desmatamento sendo a primeira consequência. Põe-se fogos nas lavouras pequenas de populações tradicionais, inclusive em terras indígenas (TI), assim como fazendeiros não indenizados põem fogo nas bordas das unidades de conservação como parques nacionais. Nos ultimos anos, Mato Grosso do Sul tem conseguido diminuir as queimadas, aplicando a lei e um sistema de monitoramento com o governo central. Já o estado do Mato Grosso, entre 2003 e 2004, tornou-se o campeão das queimadas. Em 2005 estourou o escândalo do desmatamento na Amazônia Legal, de mais 26 mil km2 em doze meses - dos quais quase a metade era responsabilidade de Mato Grosso. Houve prisões de mais de cem pessoas, algumas envolvidas com órgãos públicos como o Ibama. As regiões ecoturísticas têm interesse em sem manter livres do desmatamento, para mostrar seu patrimônio natural e preservar os recursos naturais de onde tiram boa parte da renda.