A região ecoturística do Parque Nacional das emas e sítios arqueológicos de Serranópolis têm a vantagem de estar no alto de um divisor de águas: há até uma Águas Emendadas, de um lado corre para o sul, para a bacia do Prata; do lado norte do parque, as águas tendem a correr para formar a bacia do rio Araguaia, que se juntará ao Tocantins para desaguar no Atlântico. Os mais importantes rios da região são o alto Araguaia, o rio Verde e o Verdinho, o Formoso, o rio da Prata, o Sucuriú e o rio da Pedraria.