Trata-se do mais importante afluente do Araguaia por sua margem esquerda, ao lado do rio Cristalino. O rio das Mortes, pelo lado matogrossense, deságua perto da cidade de São Félix do Araguaia. Esta cidade fica na entrada da ilha do Bananal, pelo lado matogrossense. Na ilha, que é uma unidade de conservação (parque indígena), a estrada só passa de junho a outubro e depende de autorização da Funai de São Félix ou de São João do Javaés, além de pagamento de pedágio.